吉里吉里で分岐処理を行うには button タグを使用します。
このタグはボタンを表示しユーザーがクリックしたボタンによって処理を分岐させます。

ボタンを利用するためにはボタンとして表示する画像ファイルを用意する必要があります。
ボタン用の画像ファイルはボタンが横に3つ並んだ状態の特殊な画像を使用します。
300px * 60px のボタンを表示したい場合は、300px * 60px のボタンが3つ並んだ 900px * 60px の画像が必要です。
3つのボタンは、"通常の状態" , "ボタンが押された状態" , "ボタンの上にマウスカーソルがある状態" の3つの状態です。

処理を分岐させるので分岐先となるラベルを用意する必要があります。

スクリプトは以下のように記述します。
[current layer=message1]
[position layer=message1 opacity=0]
[layopt layer=message1 visible=true]

[locate x=50 y=20]
[button graphic=ka012_button_1.png target=*Label_1]

[locate x=50 y=100]
[button graphic=ka012_button_2.png target=*Label_2]

[locate x=50 y=180]
[button graphic=ka012_button_3.png target=*Label_3]

[s]

*Label_1
[cm]
[current layer=message0]
[layopt layer=message1 visible=false]

はじめの3行でメッセージレイヤ(テキストが表示されるレイヤ)を切り替えています。
メッセージレイヤは通常テキストを表示しているものとは別にもう1つ用意されています。
ボタンによる分岐は別のレイヤを使用します。

locate タグで後続の button タグの表示位置を設定します。
button タグでボタン画像と分岐先のラベルを指定します。

s タグでボタンが押されるまでスクリプトの進行をストップします。
ボタンが押されることでボタンに設定されたラベル位置からスクリプトが再開されます。
分岐先のラベルではメッセージレイヤを通常のものに戻します。

※画像ファイルは data\image フォルダに入れておく必要があります。
それぞれのボタンに設定されたラベル位置からスクリプトの実行が再開されますが、分岐処理終了後にスクリプトは共通の部分に戻ると思います。
その場合は共通部分にラベルを設定し jump タグでラベルにジャンプします。
今回の講座のスクリプトをダウンロードできます。  ( ZIPファイルの使い方

吉里吉里講座

ワンポイント講座 (基本的な使い方)
1. 開発環境を準備する
2. スクリプトの始まり
3. コメントについて (※初心者には重要)
4. ラベルについて
5. 文字コードについて
6. テキストを表示する
7. 背景画像を表示する
8. キャラクターを表示する
9. キャラクターを表示する(フェードイン)
10. キャラクターを移動する(アニメーション)
11. 前景レイヤにテキストを表示する
12. メッセージ枠に画像を使用する
13. 縁取り文字を使用する
14. フォント(書式)を変更する
15. BGM・効果音を使用する
16. ボタンで処理を分岐する
17. 変数を使用する
18. 変数の内容を表示する
19. 変数で処理を分岐する
20. ルビを振る
21. マクロを利用する
22. メニューをカスタマイズする
23. タイトル画面を表示する
24. タイトルバー・ウィンドウサイズを変更する
25. ゲームをリリースする
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