キャラクターの画像をクロスフェードして入れ替えるには、2つのキャラクターに対してフェードインとフェードアウトを実行します。

フェードインとフェードアウトは同時に実行するよりも wait タグを使用し、多少時差を付けたほうが自然に見えます。

スクリプトは以下のように記述します。
[chara_config pos_mode=false]

キャラクターを表示します。[p][cm]

[chara_new name=ch_l_1 storage=ch_l_1.png]
[chara_show name=ch_l_1 left=195 top=0]

表情を変更します。[p][cm]

[chara_new name=ch_l_2 storage=ch_l_2.png]
[chara_show name=ch_l_2 time=500 left=195 top=0 wait=false]
[wait time=300]
[chara_hide name=ch_l_1 time=500 wait=false]
[wait time=500]

chara_show タグに wait=false 属性を指定し非同期でフェードインを行い、 wait タグでちょっと待ってから chara_hide タグでフェードアウトします。

複雑な処理で何度も記述するのは面倒に感じると思いますが、マクロ機能を利用するとスッキリと記述できます。
今回の講座のスクリプトをダウンロードできます。  ( ZIPファイルの使い方

ティラノスクリプト講座

ワンポイント講座 (基本的な使い方)   ◆マークの講座は吉里吉里とほぼ同じです。
 1. 開発環境を準備する
2. スクリプトの始まり
3. コメントについて (※初心者には重要)
4. ラベルについて
 5. 文字コードについて
6. テキストを表示する
7. 背景画像を表示する
8. キャラクターを表示する
 9. キャラクターを表示する(フェードイン)
 10. キャラクターを表示する(クロスフェード)
 11. 前景レイヤを移動する(アニメーション)
12. 前景レイヤにテキストを表示する
 13. 背景画像を表示する(改良版)
14. メッセージ枠に画像を使用する
15. BGM・効果音を使用する
 16. ボタンで処理を分岐する
17. 変数を使用する
18. 変数の内容を表示する
19. 変数で処理を分岐する
 20. ルビを振る
21. マクロを利用する
 22. 埋め込みフォント(ウェブフォント)を使用する
 23. タイトル画面を表示する
 24. セーブ・ロードボタンを表示する
25. タイトルバー・ウィンドウサイズを変更する
 26. ゲームをリリースする
5分でデキないノベルゲーム制作講座